特殊工种证明不影响劳动合同效力。依据《劳动合同法》，合同有效需满足民事行为能力、真实意愿、合法性及平等协商等条件，特殊工种证明非决定性因素。缺乏及时处理可能导致劳动关系不明确，权益受损。
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特殊工种证明不影响合同。操作如下：1.核实合同是否满足有效条件，如民事行为能力、真实意愿等；2.若合同有效，特殊工种证明仅作为岗位说明，不影响合同效力；3.如遇争议，先与对方协商，不成则申请调解或仲裁，维护自身权益。
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处理特殊工种证明与劳动合同问题，常见方式有协商、调解、仲裁。应根据具体情况选择，协商不成可寻求调解，仍无法解决则申请仲裁，以确保合同效力及权益。