邻居占用农田种树影响你耕种，可要求其停止侵害并赔偿。法律依据为《土地管理法》，若破坏农田种植能力，将被罚款，甚至承担刑事责任。严重后果包括农田无法正常使用及经济损失。
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处理邻居占用农田种树的常见方式有：协商、调解、诉讼。首先尝试与邻居协商，协商不成可寻求村委会或政府调解；仍无法解决则提起诉讼，要求邻居停止侵害、排除妨碍并赔偿损失。
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不同情况下的处理方式：1.若邻居无意占用，可协商让其移除树木并补偿损失；2.邻居拒绝协商，可向村委会或政府申请调解，达成调解协议；3.调解无果，直接向法院起诉，依据《土地管理法》要求邻居停止侵害、排除妨碍，并赔偿因此受到的损失。