新生儿合作医疗可在户籍所在地的社保部门或指定机构缴纳。分析：新生儿合作医疗是指新生儿参与的城乡居民基本医疗保险，旨在为新生儿提供医疗保障。家长需携带新生儿的出生证明、户口本等材料，前往户籍所在地的社保部门或指定机构办理参保手续并缴费。缴费标准和流程可能因地区而异，需咨询当地社保部门获取具体信息。提醒：若新生儿出现重大疾病需紧急就医，而因未参保导致医疗费用无法报销，问题则较为严重，应及时咨询并办理参保手续。
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处理方式：从法律角度看，新生儿合作医疗的缴纳方式主要有两种：一是线上缴纳，通过当地社保局网站或指定APP进行；二是线下缴纳，前往社保局窗口或指定银行网点办理。选择方式时，家长可根据自身情况选择便捷、安全的方式。若对线上操作不熟悉，可选择线下缴纳；若追求效率，线上缴纳则更为便捷。
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具体操作：1.线上缴纳：登录当地社保局网站或指定APP，选择“城乡居民基本医疗保险缴费”模块，输入新生儿的身份信息进行缴费。缴费成功后，可在线查询缴费记录和参保证明。2.线下缴纳：携带新生儿的出生证明、户口本等材料，前往社保局窗口或指定银行网点办理参保手续。工作人员会指导填写相关表格，并告知缴费金额和方式。缴费后，需妥善保管好缴费凭证和参保证明。3.特殊情况处理：若新生儿因特殊原因（如出生证明未办理完毕）无法及时参保，家长需尽快办理相关手续并补缴保费。补缴时，可能需支付滞纳金或面临其他限制条件，具体以当地社保局规定为准。