在孕期，公司能否以员工旷工以外的其他非严重违规行为辞退员工，需具体分析。根据《劳动合同法》的相关规定，员工严重违反企业规章制度时，企业可解除劳动合同，且不受孕期保护限制。但若违规行为未达到严重程度，或企业规章制度未明确规定此行为为可解雇情形，则公司不能随意辞退孕期员工。因此，关键在于违规行为的性质及企业规章的具体规定。
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对于孕期员工偶尔迟到的情况，公司可采取以下措施：1.若公司规章制度未将偶尔迟到列为可解雇情形，应对员工进行口头或书面警告，提醒其注意出勤；2.若员工迟到情况频繁，但未达到严重违规程度，可考虑进行绩效扣减或调岗等内部处理；3.确保处理过程合法合规，避免侵犯员工合法权益。
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从法律角度，孕期员工保障自己权益应做到：1.了解并遵守公司规章制度，避免违规行为；2.如遇不公正待遇，及时与公司沟通，要求合理解释；3.保留相关证据，如工资单、出勤记录等；4.若公司违法解除劳动合同，可依法向劳动仲裁部门申请仲裁或向法院提起诉讼。