购房合同补充协议不合理的处理办法：如果不合理是指在订立合同时显失公平的。一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的情形，可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。《民法典》第一百四十七条基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。第一百四十八条一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。第一百五十条一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。第一百五十一条一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
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房屋买卖纠纷，违约责任是如果补充协议有约定按补充协议处理，没有约定按合同处理；补充协议一般理解为是对合同的补充或变更。
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根据具体约定处理